องค์การอนามัยโลก (World Health Organization) เป็นหน่วยงานเริ่มต้นและหน่วยงานหลักในการศึกษาวิจัยขั้นพื้นฐานและเผยแพร่ความรู้เกี่ยวกับการประเมินผลกระทบทางสุขภาพในระยะเริ่มแรก รวมทั้งกระตุ้นและเสนอแนะแนวทางให้แก่ประเทศสมาชิก และสถาบันการเงินระหว่างประเทศให้มีความรับผิดชอบต่อการประเมินผลกระทบทางสุขภาพ ซึ่งทำให้มีการนำหลักการและกระบวนการประเมินผลกระทบทางสุขภาพไปใช้อย่างกว้างขวาง โดยสามารถแบ่งแนวทางการพัฒนาระบบการประเมินผลกระทบทางสุขภาพได้เป็น 2 แนวทางหลัก คือ

แนวทางแรก เป็นการพัฒนาต่อจากการประเมินผลกระทบด้านสิ่งแวดล้อม โดยถือว่าการประเมินผลกระทบทางสุขภาพเป็นส่วนหนึ่งของการประเมินผลกระทบทางสิ่งแวดล้อม แนวทางนี้จึงมีข้อเด่นที่มีกฎหมายรองรับชัดเจน และทำให้มีอำนาจในการอนุมัติหรือตัดสินใจมากกว่า และยังเป็นการลดความซ้ำซ้อนในการดำเนินงาน แต่ก็มีข้อด้อยที่ทำให้การประเมินผลกระทบทางสุขภาพ ถูกนำไปประยุกต์ใช้ได้ในขอบเขตที่จำกัด และมักเกี่ยวกับผลกระทบทางสุขภาพที่เกิดจากการเปลี่ยนแปลงสิ่งแวดล้อมทางกายภาพ ชีวภาพเป็นหลัก

แนวทางที่สอง เป็นการพัฒนาจากแนวคิดนโยบายสาธารณะเพื่อสุขภาพ โดยถือว่ากระบวนการประเมินผลกระทบทางสุขภาพเป็นกระบวนการหนึ่งในการกลั่นกรองนโยบายสาธารณะ โดยผ่านกระบวนการเรียนรู้ร่วมกัน ข้อเด่นของแนวทางนี้คือ สามารถนำการประเมินผลกระทบทางสุขภาพไปใช้ได้ในขอบเขตที่กว้างขวาง ตั้งแต่ระดับนโยบายรัฐ จนถึงระดับท้องถิ่น และใช้ได้กับผลกระทบทางสุขภาพที่เกิดจากปัจจัยส่วนตัวบุคคล และปัจจัยเรื่องสภาพแวดล้อม เพราะไม่จำเป็นต้องมีกฎหมายบัญญัติไว้ แต่มีข้อด้อยคือ ไม่มีการระบุการบังคับใช้ และไม่มีอำนาจในการตัดสินใจหรืออนุมัติโครงการที่ชัดเจนตามกฎหมาย

ซึ่งหากพิจารณาประสบการณ์การดำเนินการประเมินผลกระทบทางสุขภาพในประเทศที่มีความก้าวหน้า 5 ประเทศ ซึ่งได้ดำเนินการพัฒนาระบบการประเมินผลกระทบทางสุขภาพมาในช่วงระยะเวลา 10 กว่าปีที่ผ่านมา จะเห็นได้ว่า แต่ละประเทศได้พัฒนาระบบการประเมินผลกระทบทางสุขภาพที่เหมาะสมกับบริบททางสังคม เศรษฐกิจ และการเมืองของตนเอง และยังมีแนวโน้มที่จะปรับปรุงเพิ่มเติมต่อไปอีกภายหลังจากการทบทวนประสบการณ์ในประเทศตนเอง และการแลกเปลี่ยนประสบการณ์กับประเทศอื่น ความแตกต่างในการประเมินผลกระทบทางสุขภาพที่น่าสนใจคือ ระดับการดำเนินการ ซึ่งพบว่ามีการดำเนินงานแตกต่างกันหลายระดับ ได้แก่ ระดับท้องถิ่น (Local) ระดับโครงการ (Project) และระดับนโยบาย (Policy) และจุดเด่นในการดำเนินการในแต่ละประเทศ สรุปได้ดังนี้